Payer un affilié auto-entrepreneur n'est pas identique à payer une société. Le régime de la micro-entreprise comporte des spécificités — sur la TVA, sur la déclaration URSSAF, sur la facturation — que le marchand doit comprendre pour régler ses affiliés correctement et sans risque. Ce guide est rédigé du point de vue du marchand.
Pour comprendre d'abord le statut juridique de l'affilié, voir statut juridique de l'affilié : apporteur d'affaires ou indépendant ?.
Première étape : exiger une facture avant tout paiement
C'est la règle fondamentale, et elle n'admet pas d'exception.
Avant de virer une commission à un affilié, le marchand doit détenir une facture valide émise par l'affilié. Cette exigence n'est pas une formalité administrative : c'est la condition qui permet au marchand de déduire la charge fiscalement, et c'est la première preuve que la relation est bien une relation commerciale entre indépendants, et non du travail dissimulé.
Ce que doit contenir une facture d'affilié
Une facture émise par un auto-entrepreneur doit comporter les éléments suivants, conformément à l'article 242 nonies A du Code général des impôts et aux annexes réglementaires :
- Nom et prénom ou dénomination sociale de l'affilié
- Adresse complète
- Numéro SIRET (obligatoire pour toute entreprise immatriculée en France)
- Date d'émission et numéro de facture séquentiel
- Description de la prestation : "Commission d'apport d'affaires — [période ou campagne]"
- Montant HT
- Mention TVA : pour un auto-entrepreneur sous le seuil de franchise, la mention obligatoire est "TVA non applicable, art. 293 B du CGI"
- Montant TTC (identique au HT si TVA non applicable)
- Coordonnées bancaires (IBAN/BIC)
Un auto-entrepreneur peut dépasser le seuil de franchise en base de TVA. Au-delà de ce seuil (à vérifier sur impots.gouv.fr, il est mis à jour chaque année), l'auto-entrepreneur doit collecter la TVA et la facturer. Le marchand doit alors s'assurer que le numéro de TVA intracommunautaire figure sur la facture. Ne pas vérifier ce point expose le marchand à un risque lors d'un contrôle fiscal.
La TVA pour un affilié auto-entrepreneur
La grande majorité des affiliés auto-entrepreneurs en France sont sous le régime de la franchise en base de TVA. Ce régime permet de ne pas facturer de TVA tant que le chiffre d'affaires annuel reste sous un seuil fixé par la loi. Ce seuil s'applique à l'ensemble du chiffre d'affaires de l'auto-entrepreneur, toutes activités confondues.
Ce que cela signifie concrètement pour le marchand :
- Vous payez le montant HT indiqué sur la facture — il n'y a pas de TVA à récupérer ni à reverser
- Vous n'avez aucune obligation déclarative liée à la TVA pour ce type de facture
- La mention "TVA non applicable, art. 293 B du CGI" sur la facture de l'affilié est la confirmation que son régime TVA est correct
Si l'affilié dépasse le seuil de franchise en cours d'année, il doit vous en informer et commencer à facturer avec TVA à partir de ce dépassement. Le marchand récupère ensuite la TVA dans sa propre déclaration comme pour toute prestation de services soumise à TVA.
Pour les affiliés établis dans d'autres pays de l'UE, les règles de TVA sont différentes — le mécanisme d'autoliquidation (reverse-charge) s'applique dans la plupart des cas. Ce sujet est traité dans la ressource TVA sur les commissions d'affiliation en Europe.
URSSAF : ce n'est pas le problème du marchand
Un point que beaucoup de marchands gèrent mal par excès de prudence : les cotisations sociales de l'auto-entrepreneur sont sa responsabilité, pas la vôtre.
L'auto-entrepreneur déclare son chiffre d'affaires mensuellement ou trimestriellement auprès de l'URSSAF et paie ses cotisations en proportion de ce chiffre d'affaires. Vous n'avez pas à retenir de cotisations sur les commissions que vous versez, comme vous le feriez pour un salarié.
Ce que vous devez faire :
- Payer le montant net figurant sur la facture
- Conserver la facture dans votre comptabilité
Ce que vous ne devez pas faire :
- Retenir des cotisations sociales sur le paiement
- Déclarer ces paiements à l'URSSAF de votre côté (la déclaration DAC7 est une obligation distincte, pour les plateformes, pas pour les marchands directs — voir DAC7 et affiliation)
Exception à noter : si vous avez des doutes sur le statut réel d'un affilié — notamment si la relation ressemble à un emploi déguisé — c'est un sujet juridique distinct qui relève du droit du travail. Voir le guide sur le statut juridique de l'affilié.
Le modèle de facture à fournir à vos affiliés
La meilleure façon d'éviter les factures incorrectes est de fournir à vos affiliés un modèle conforme. Beaucoup d'auto-entrepreneurs, surtout en début d'activité, ne savent pas exactement quels éléments mentionner.
Le modèle de facture d'affiliation disponible dans les ressources RefCampaign est prérempli avec les mentions légales obligatoires pour les auto-entrepreneurs en France, dont la mention TVA art. 293 B.
En pratique, les plateformes d'affiliation proposent souvent une fonction de génération automatique de relevés de commissions. Ces relevés ne remplacent pas une facture légale — ils sont une base de travail pour l'affilié qui doit émettre sa propre facture.
Méthodes de paiement : SEPA et Stripe
Virement SEPA
Pour les affiliés en France et dans la zone euro, le virement SEPA est la méthode la plus adaptée :
- Coût faible (0,20 à 0,50 EUR par virement selon les banques)
- Délai d'un jour ouvré
- Traçabilité bancaire directe, idéale pour la documentation comptable
- Pas de frais côté affilié
Vous avez besoin de l'IBAN et du BIC de l'affilié, qui doivent figurer sur la facture.
Stripe Connect
Pour les programmes qui automatisent les paiements, Stripe Connect permet de virer directement sur le compte bancaire de l'affilié depuis votre plateforme. L'affilié doit s'enregistrer et compléter les vérifications KYC (identité, IBAN). Une fois l'onboarding complété, les paiements sont automatisés à chaque cycle de commission.
Stripe Connect génère des relevés de paiement pour chaque virement, ce qui facilite la réconciliation comptable. Pour les auto-entrepreneurs, ces relevés peuvent servir de base pour émettre leurs factures mensuelles.
Délais et seuils de paiement
Le calendrier de paiement doit être défini dans le contrat d'affiliation. Les pratiques courantes pour les programmes B2B SaaS :
- Net-30 : paiement 30 jours après la fin du mois de validation des commissions. Ce délai couvre les éventuels remboursements.
- Seuil minimum : un seuil de 50 à 100 EUR évite d'émettre des virements pour de petits montants. Assurez-vous que ce seuil est mentionné dans l'accord affilié.
Conservation des pièces : ce que vous devez archiver
Du côté du marchand, les pièces justificatives à conserver pour chaque paiement d'affilié sont :
- La facture originale émise par l'affilié (format PDF, date, montant, mentions légales)
- La preuve de paiement (confirmation de virement bancaire ou relevé Stripe)
- L'accord affilié signé ou accepté électroniquement
La durée légale de conservation des pièces comptables est de dix ans en France (article L. 123-22 du Code de commerce). En cas de contrôle fiscal, l'administration pourra demander ces pièces.
Ne payez jamais une commission sans facture correspondante, même si l'affilié vous le demande "exceptionnellement". Un paiement sans facture ne peut pas être comptabilisé en charge déductible et peut constituer un indice de travail dissimulé lors d'un contrôle URSSAF.
Affiliés dans d'autres pays de l'UE
Payer un affilié établi en Allemagne, aux Pays-Bas, en Espagne ou dans un autre État membre de l'UE suit les mêmes principes généraux, avec quelques adaptations :
- L'affilié doit être enregistré selon les règles de son pays de résidence (auto-entrepreneur en France, Freiberufler en Allemagne, autónomo en Espagne, etc.)
- La TVA suit les règles du pays de l'affilié, mais pour les prestations B2B intra-UE, le mécanisme d'autoliquidation s'applique généralement : l'affilié facture HT et vous mentionnez la TVA en autoliquidation dans votre propre déclaration
- Le virement SEPA fonctionne dans toute la zone euro et dans les pays adhérant au système SEPA (36 pays au total, dont des pays hors UE)
Pour les détails complets sur la TVA intra-UE dans le contexte de l'affiliation, voir TVA sur les commissions d'affiliation en Europe.
Récapitulatif des obligations du marchand
| Étape | Obligation | Risque si omis |
|---|---|---|
| Avant paiement | Obtenir une facture valide avec SIRET | Charge non déductible, risque de travail dissimulé |
| Vérification TVA | Contrôler la mention TVA (art. 293 B ou numéro TVA) | Risque lors d'un contrôle fiscal |
| Paiement | Virer le montant net de la facture, sans retenue | N/A si facture correcte |
| Comptabilité | Archiver facture + preuve de paiement + contrat | Difficulté en cas de contrôle sur 10 ans |
| TVA intra-UE | Appliquer l'autoliquidation si affilié UE hors France | Anomalie TVA en déclaration |
Pour aller plus loin
- Comment payer ses affiliés SaaS : méthodes et calendriers
- Conformité programme d'affiliation : FTC, RGPD et DAC7
- Statut juridique de l'affilié : apporteur d'affaires ou indépendant ?
- Modèle de facture d'affiliation
- TVA sur les commissions d'affiliation en Europe
Comment RefCampaign aide
RefCampaign traite les virements d'affiliation via Stripe, avec prise en charge native du SEPA pour les affiliés de la zone euro. Les paiements sont conditionnés à la validation des commissions et à la présence d'une facture dans le dossier affilié. Les données sont hébergées en Europe, conformément au RGPD.